Ideja stvaranja Arheološkog muzeja u gradu Almeria je nastala u prvoj polovici 19. stoljeća. Do 1837. godine od najbliže gradu i okolici samostana uspjela povući 196 slika i drevne novčiće i nadgrobnih spomenika, nakit i pribor, datira iz razdoblja od arapskom vlašću u Španjolskoj. No, zbog niza nepoznatih uzroka otvaranja muzeja u to vrijeme nije se održati. Nakon toga, mnogi od tih predmeta su muzejske zbirke izvan Almeria, pa čak i inozemstva.

Proglašenje Drugog španjolske Republike bila je činjenica da je u 1933. u Almeriji i dalje otvorena Arheološki muzej, koji je smješten u zgradi Instituta za istraživanje. Početni skup Muzeja arheoloških ostataka pronađenih tijekom istraživanja u Almeriji i okolici. Godine 1934. muzej je već započeo suradnju s ostalim muzejskim zbirkama u zemlji. Godine 1979., u vezi s proširenjem muzejske zbirke je preselio u zgradu, u kojoj se nalazi College of Saint Marije Djevice del Mar.

Godine 1998. arhitekti Ignacio García Pedrosa i Angela Garcia de Paredes je sagrađena nova zgrada muzeja koji zadovoljava moderne zahtjeve. Unutrašnjost nove zgrade, prostrane i svijetle zahvaljujući razrađenog sustava prirodnog osvjetljenja, minimalistički dizajn, jasne geometrijske linije i prostornog kapaciteta. Zbirka Arheološkog muzeja Almeria su eksponati iz paleolitika razdoblja do maurskom dominacije Iberijskog poluotoka.