Muzej Aveiro je osnovan 1911. godine i nalazi se u povijesnoj zgradi bivše dominikanskog samostana Isusa. Samostan je sagrađen u 1458. Pročelje zgrade koje danas vidimo potječe iz XVIII stoljeća. Zgrada ima tri ulaza s prekrasnim zabata, a središnji zabat zgrade ukrašena kraljevskom grbu. Blizu ulaza je spomenik sv Giovanni (Ivan).

Atrij bivši samostan sada koristi kao muzejski predvorju. On je sačuvao poglavlje kuću u kojoj su održani sastanci i crkvu koja datira iz XV stoljeća, sa stupovima u stilu renesanse, kao i nekoliko kapelica u Manueline stilu, ukrašen pločice "azulezush." Unutrašnjost glavnoj kapelici crkve ukrašen djelima drva s pozlate XVI stoljeća. Zidovi su ukrašeni pločice "azulezush", koji opisuje prizore iz života Svete Juans i objesiti slike koje prikazane sveca.

Na dnu kapelice, gdje je služio liturgiju, je grob u kojem leže ostaci princeza Juans, kći kralja Afonso V. Grob je počeo graditi po nalogu kralja Pedro II, ali ostaje princeza preselio natrag samo u 1711.. Grob je ukrašen raznobojnim mozaicima izrađenih od talijanskog mramora. Svaka strana groba ukrašena ploča s prikazom scene iz života princeze, strop kapele je u baroknom stilu. Dizajn kraljevskih grobnica radio kao arhitekt Manuel Antunes.

Princeza Juan je monaški zavjete u 1472g. i živio u samostanu do svoje smrti u 1489.. Bila je poznata po svojoj kreposti, a prema legendi, to je bio povezan neke čuda. U 1673. je kanoniziran kao svetac Juan.

Muzej ima bogatu zbirku slika, skulptura, pločice, namještaj, posuđe baroka.