Samostan je osnovan Dno Maura Dias u 1280. za redovnice klarissok. Samostan nije dugo trajalo, a 1311 je prestala postojati. U 1316 je supruga kralja Dinis I., Kraljica Izabela Portugalska, obnovljenog samostana.

Kraljica Izabela Portugalska također pod nazivom "Sveta Kraljice" zbog njezine iznimne pobožnosti i pravednosti. Kraljica je također poznat po svojoj dobroj naravi temelji bolnice, sirotišta i škole. Nakon smrti svoga muža, kralja Dinis, ona je u mirovini u samostanu. I u 1336. kraljica umro i pokopan u samostanu u grob, uređen u gotičkom stilu. U 1626., Kraljica Isabella je kanoniziran za svoju ljubav i dobra djela.

Prvi arhitekt samostana bio Domingos Domingues, poznat po svom radu na galerijama samostana Alcobaça. On je nastavio rad ovog arhitekta Estevão Domingues, koji je bio poznat po svom radu na galerije katedrale u Lisabonu. U 1330. posvećenje hrama, a kasnije na južnom dijelu crkve sagradili samostan. Samostan je često predstavljen novčane donacije i darove. Početkom XVI stoljeća, crkva je ukrašena Sevillian pločicama i instaliranih novih oltara.

Budući da je samostan i crkva su izgrađeni na lijevoj obali rijeke Mondego, onda godinu dana kasnije zgrada je poplavljeno preko obalama rijeke vode. I stoljećima samostan poplavljeno mnogo puta. Zbog čestih poplava u manastiru nije bilo moguće da se i kralj Ivan IV naredio da napusti zgradu i preseliti u novi samostan - Samostan Santa Clara-a-Nova, izgrađena na brežuljku nedaleko od stare zgrade. Grob s ostacima kraljice Isabelle i druge kraljevske osobe su prebačene u novu zgradu.

Tijekom vremena, stari samostan u ruševinama. Godine 1910. zgrada je na popisu kao spomenik od nacionalnog značaja, a neki radovi rekonstrukcije provedene su u prvoj polovici dvadesetog stoljeća.