Izgradnja nove zgrade samostana Santa Clara u Coimbra je pokrenut u 1649. Stari samostan, sagrađena krajem XIII stoljeća, bio uništen, te je odlučeno da se gradi nova zgrada za redovnice Reda Santa Clara.

Projekt je razvio benediktinski monah iz samostana i kraljevske arhitekt João Turriano, zadužen za izgradnju kraljevske arhitekta Mateus učiniti Couto. Novogradnja je trajala dovoljno dugo. U 1677. nova zgrada samostana, koji je postao poznat kao samostan Santa Clara-a-Nova, vozio redovnice. U 1696. crkva je posvećena.

Glavni portal samostanske crkve je ukrašena kraljevskom grbu, koji je podržan od strane dva anđela. Unutrašnjost crkve je u baroknom stilu. Crkva je jednobrodna, transepta nedostaje. Bočne kapele i glavni Kapela je uređena s 14 oltara iz XVII stoljeća u stilu "Talya Dorado" - oltara uokvirena u izrezbarenom i pozlaćenom drvu. Osim toga, novi samostan je premješten grobnicu s ostacima kraljice Isabelle Portugala, osnivača samostana. Nakon smrti svoga muža, kralja Dinis, kraljica je u Coimbra samostanu Santa Clara do smrti i bio pokopan. Dakle, među mještanima ovaj samostan zove samostan kraljice Isabelle. Grob s pepelom, izrađen od srebra i kristala, koji se nalazi u blizini glavnog oltara crkve. Prije crkve stoji spomenik kraljice Isabelle, kipar Antonio Teixeira Lopes u XIX stoljeću.

U 1733. u samostanu klaustra su izgrađena u renesansnom stilu. Izgradnja tih galerija zaduženih mađarskog arhitekta Carlos Mardel.