U 1647. grad Eisenstadt bio pod vlašću kneževski kuće Esterhazyja, koja je imala veliki utjecaj na grad i doveo do pozitivnih promjena. U 1648., dekretom cara Ferdinanda III Eisenstadtu postao slobodan grad, oporezivati ​​plaća u iznosu od 16.000 guldena i 3.000 barela vina. U 1670 Paul sam dopustio da se nasele u Eisenstadtu i šest obližnjih naselja 3.000 Židova koji su bili protjerani iz Beča. Rabin grada je Vertaymer Samson, koji je i sam bio zakopan u starom židovskom groblju.

Postojala je potreba na groblju. Tako je stara židovsko groblje u 17. stoljeću u blizini židovske četvrti. Starom groblju djelovala od 1679 do 1875 godine i zapošljava oko 1.140 nadgrobnih spomenika sa samo hebrejskim natpisima. Zbog ograničenog prostora, uz starom groblju je osnovana nova. Novi groblje je u uporabi od 1875. godine.

Tijekom nacističke okupacije, oba groblja djelomično su uništene, a stećci su korišteni za izgradnju barijere oko grada. Nakon 1945. godine groblje je obnovljen, a spomenici su staviti na mjesto. Godine 1992. novi groblje vandalizam dogodio: oko 80 nadgrobnih su oskvrnuli nacističkih simbola.

Groblje Eisenstadt se razlikuje od drugih drevnih židovskih groblja nedostatak vegetacije. Međutim, to je vrlo slična po obliku i izgledu s groblja u Beču. To je zbog činjenice da su prvi doseljenici bili bečke emigranti. Prije ulaza u starom groblju je napravljen kroz prekrasne polukružne metalnih vrata, ali sada nisu sačuvani. Oba groblja su otvorene za javnost.