Još jedna atrakcija Cordoba - San Francisco crkve, koji je jedan od takozvanih "ferdinandovskih" crkava, dobila je ime po tome što su bili među prve kršćanske crkve izgrađene u Cordobi nakon rekonkviste od Maura kralja Ferdinanda III. Nakon što je crkva sagrađena je u sklopu 13. stoljeća samostanu San Pedro el Real. Samostan, koji je pripadao franjevačkim vjerskih zajednica da se prilično blizu vrijeme i imao veliki utjecaj u vjerskom životu grada. Poznato je da u 17. stoljeću živio je stotinu redovnika, a većinu svog prosperiteta i utjecaj je postigao u 18. stoljeću. No, početkom 19. stoljeća, u vrijeme prije Napoleonovih vojnika samostan je uništen, a crkva San Franciscu čudom preživjela.

Izvorno kreirana u gotičkom stilu, danas zgrada crkve San Francisco je samo djelomično podsjeća na izvornu strukturu. Tijekom 18. stoljeća zgrada je obnovljena nekoliko puta, a njezina fasada postoje mnogi elementi baroka, promijenio znatno srednjovjekovni izgled crkve.

Danas, Crkva San Francisco je ne samo jedan od najstarijih, ali i jedan od najbogatijih crkava u Cordobi. Ona sadrži bogatstvo kulturnih vrijednosti akumulirane iz srednjovjekovnog razdoblja. Tu je i zanimljiva zbirka slika umjetnika 18. stoljeća Cordova. To zaslužuje posebnu pozornost i fino antikni namještaj, smješten u prostorijama hrama.