Izgradnja samostana Ninna-ji počela u 886, jedan car - Kёkё i završio dvije godine nakon smrti drugog prethodnika - Uda. Nakon abdikacije cara Uda je bio tonsured redovnika i otišao. S obzirom na činjenicu da je u mirovini car živio ovdje za ostatak svog dana, samostan je bio neformalni naziv "Old Imperial Palace Omura." Službeni naziv Ninna-ji prevodi kao "samostan human harmonije."

Od osnutka hrama, a do druge polovice XIX stoljeća opat samostana u postala sinove careve, koji su monaški zavjete po nalogu svojih otaca.

Samostan je test tri puta, vatru: požar u 1119. kompleksu je izgubio većinu svojih objekata, te u teškim vremenima Onin (1467-1477 godina) na svom mjestu ostao samo pepeo. To je obnovljena tek u XVII stoljeću, pa čak i onda ne u potpunosti. Koliko velik je bio samostan vlasništva, prema rasporedima 88 hodočasnička hramovi su nekoć stajali na njenom teritoriju, koji su postavljeni za vrt. Godine 1887., dio zgrada izgorjela Ninna-ji, ali obnova je počela tek nakon više od dva desetljeća.

Danas, Ninna-ji je glavni samostan Shingon budistički sekte, Omura i Ukyo se nalazi u starom japanskom glavnom gradu. Glavni svetište Ninna-ji - kip Amida Buddhe. Glavni hram Ninna-ji samostana je UNESCO-ve Svjetske kulturne baštine, a neke od njegovih zgrada i zanimljivosti pohranjenih u njemu imaju status nacionalne baštine u Japanu - osobito Condo - glavna dvorana hrama, drvena slika Buddha slike na svili božanstva Kudzyaku i drugima. Unutar hrama ukrašen jedinstvenim platna i drugih umjetničkih djela.

Područje hram kompleks podijeljen je u nekoliko visokih zidova. U jugozapadnom dijelu ribnjaka i postoje paviljoni, koji pohranjuju blaga i antičke umjetnine. Na sjeveru je glavna dvorana apartman, pet-kata pagoda i Višnjik, gdje se već dugi niz godina uzgaja trešnje sorte Omura da cvjeta nakon svega. Crkva je škola ikebane Omura.