Katolička crkva San Francisco nalazi se u samom centru La Serena. Crkva je struktura kraja XVI stoljeća.

U 1563, La Serena naselili franjevci. Christopher Fray Juan Torrealba Ravaneda izgrađena na tom mjestu kapelicu Adobe. Početkom 1585 Fray Francisco Medina Juan Francisco rimske Carbury smo počeli izgradnju trenutne crkvene zgrade vapnenca u talijanskom renesansnom stilu. Debljina zidova zgrade dosegao 1, 20 m. Izgradnja je teško i skupo, kao što je vapnenac donio iz Penyulas Alto i iz šuma Oval. Crkva svetog Franje bila prva kamena crkva La Serena i posvećena na Božić 1627, u ime Majke Božje dobre nade.

U XVII stoljeću grad La Serena je pretrpjela niz napada gusara. Tijekom invazije grada gusara pod vodstvom Englez Bartolomeju Sharpe u 1680., što je bio uništen veći dio grada, pored crkve San Franciscu. Potres u 1730. crkva zgrada gotovo nije oštećen, osim krova, od kojih je obnova dovršena tek 1755.. U 1735. crkva je otvorila i samostan koledž za trening redovnike. On je radio sve do sljedećeg razornog potresa 1796., u kojoj je dio tornja srušila, ostavljajući izgradnju crkve i samostana nisu prikladni za uslugu. U 1823., franjevci su bili protjerani, a njihova imovina zaplijenjena.

U prvoj polovici XIX stoljeća, u vezi s otkrićem bakra rudarstvo u samostanu počeo raditi Mint Coquimbo, ali ovaj projekt je kratkog vijeka. Do 1840. godine struktura samostana je služila kao vojarne. Tijekom borbi u opsadi La Serena u 1851, crkveni toranj je teško oštećena. U 1858. zgrada je ponovno obnovljena franjevci.

U 1878., crkva je doživjela nekoliko izmjena: nekoliko katova su srušeni, crkva je počela da se sastoji od tri lađe odvojene arkadama, fasada je promijenjen, postojala su tri balansirani ulazi u neo-renesansnom stilu. Obnovljena crkva je otvorena 1. listopada 1899.

U 1913., toranj i štuko fasada crkve ponovno je bio uništen u potresu. U 1923 on je sagradio novu crkvu toranj, ovaj put od armiranog betona. Godine 1975., nakon snažnog potresa, zbog vrlo lošeg stanja zgrade morali zatvoriti crkvu. Godine 1977. otvorio ulazna polovicu crkve za vjernike u ostatku zgrade nastavio se provoditi restauratorskih radova na obnovi izvornog vrhu tornja, zidova i stropova, koja je postojala sve do sredine XIX stoljeća. U sakristiji je otvorio muzej sakralne umjetnosti i crkvene ploče.

Crkva San Franciscu, proglašen je nacionalnim spomenikom Čileu 1977. godine.