Crkva San Sebastian nalazi se na brežuljku, u blizini ribarnice, u sjevernom dijelu starog grada Lagos. Od tog mjesta pruža zadivljujući panoramski pogled na zaljev. Crkva se smatra jednim od najstarijih i najljepših crkava u gradu.

Čak i prije nego što je crkva izgrađena je na tom mjestu u 1325. bila je kapela Bezgrešnog Začeća Blažene Djevice Marije. U 1463., biskup João de Mello je učinio da je na tom mjestu sagrađena crkva. U 1490., po nalogu kralja Portugala, Don João II, bili smo opet proveli posao obnove, a crkva je proširena. Nakon toga, Crkva je posvećena kao Crkva San Sebastian (crkva Sv Sebastijana). Nažalost, kao što se dogodilo s mnogim povijesnim građevinama u Portugalu, crkva je gotovo uništena tijekom Lisabonskog potresa u 1755. Crkva je obnovljena, a dva stoljeća kasnije, crkva je ponovno uništena u potresu koji se dogodio 1969. godine. Tijekom vremena, crkva je ponovno obnovljena.

Unutar crkve tri lađe odvojene dorski stupovi. Izvorni glavni oltar crkve datira iz XVI stoljeća. Oltar se sastoji od četiri panela. Očekuje se da će ove ploče stvorio jedan od najpoznatijih umjetnika Algarve u XVI stoljeću Alvaro Dias. Crkva čuva staru plan grada. U 1828., crkva ima toranj sa zvonom.

Godine 1924., crkva San Sebastian je navedeno kao spomenik od nacionalnog značaja.