U početku, na mjestu palače Ajuda je drvena struktura izgrađena za kraljevsku obitelj, koji su odlučili da se presele ovdje nakon potresa 1755.. Ova zgrada je također pod nazivom "Royal koliba" ili "Drvene palače." Požar je uništio u 1795., a na njegovo mjesto je sagradio kameni dvorac.

Zgrada počela se graditi arhitekt Manuel Sita de Souza, koji je planira to učiniti u kasnom baroku - rokokoa. Nešto kasnije, izgradnja nastavljena arhitekte Jose da Costa Francisco Xavier Fabri, ali zgrada je izgrađena u neoklasičnom stilu. Građevinski nastavio do 1807. godine i nije završen. Palača je zarobljen od Napoleonovih vojnika i kraljevska obitelj bila prisiljena napustiti Portugal i uzeti utočište u Brazilu. Građevinski nastavio je polako, ponekad zaustavljen, promijenjen izgled palače s obzirom na činjenicu da u svakoj fazi izgradnje je još jedan arhitekt. U 1826 palača opet postao kraljevska rezidencija. Godine 1910. palača je zatvorena nakon proglašenja Republike, te je otvorena kao muzej u 1968.

Muzej čuva veličanstvena zbirka umjetnina iz XV i završava XX stoljeća. Sobe palače ukrašeni su namještaj u stilu Luja XV, tapiserije i kipovi. U palači puno ekstravagantne stavke dekorativne umjetnosti. Takvo obilje luksuza je rezultat bez presedana u XVIII stoljeću, kada je po prvi put u Brazilu su otkriveni dijamanti. Prekrasan Zimski vrt, dvorana, soba veleposlanik, kao banket i prijestolje dvorana.

Do sada, Palace koristi Vlada Portugala za službene ceremonije.