Crkva Santa Cruz je sagradio isusovačkih redovnika u 1608 kao župna crkva za kineske imigrante u Manili, od kojih su mnogi usvojeni kršćansku vjeru. Kada su isusovci su protjerani s Filipina, crkva postaje vlasništvo dominikanskog redovnika. Crkva je gotovo dvostruko uništio snažan potres i ozbiljno ozlijedio tijekom slavne bitke Manile u veljači 1945., koji je obilježio kraj gotovo tri godine japanske okupacije grada.

Kada je u 1571. proglašen glavnim gradom Manila filipinski arhipelag, postalo je pretvoren u obličju srednjovjekovnog europskog grada s crkvama, palačama i gradska vijećnica izgrađena u stilu španjolskog baroka. Sadašnja zgrada crkve Santa Cruz, renoviran u 1957, obnovljena u svom izvornom obliku. Međutim, moguće je vidjeti tragovi kule je tipično azijske arhitekture. Oltar crkve na prvi pogled izgleda malo podcijenjen, ali njegov dizajn rasvjete savršeno.

Crkva Santa Cruz se nalazi na Plaza Lacson (bivši Gojty područje), u neposrednoj blizini poznate Fontana Karredo, sagrađena 1882. godine u čast "najvećeg dobročinitelj Filipinima 'Francisco Karredo koja je donirala 10 tisuća pesosa za izgradnju prvog sustava vodoopskrbe u Manili.