Arheološki muzej Osijek osnovan je 1877. godine i zvao Muzej slobodnog kraljevskog grada Osijeka. Muzej je osnovan na inicijativu i na donacije (numizmatičku zbirku, zbirku drevnih oružja i književnosti) trgovački Franjo Sedlakovicha. U 1878, prvi kustos muzeja imenovan Andrei Kodrik. U prvim desetljećima muzeja ispunjen isključivo donacijama bogatih i uglednih građana grada Osijeka, koja je uključivala Franju Sedlakovich Carl Nuber, Josip Juraj Strossmayer, Emerick Hilda i Dr. Karl Kollich. Ova zbirka je bio i ostao najveći donaciju u povijesti muzeja.

Jedna od poznatih kustosa je Vjekoslav Celestin - kustos muzeja od 1893. godine. On je radio u muzeju gotovo 43 godina, bio je vrijedan radnik i profesionalac. To potvrđuje i činjenica da je on poznat muzeje u Hrvatskoj i inozemstvu. Nastupao je većina posla: zabrinuti završetku i prezentacije muzejske zbirke, provodi sustavni pregled dokumentacije, počevši od arheološkog i završava etnografske materijale. Celestin za svoj rad s pravom se smatra jednim od osnivača muzeja. Do kraja mandata kustosa u 1933. osnovao je društvo Klub Arheološki "Moores" (1937. je preimenovana u Društvo prijatelja starine "Moores"), što je važan doprinos radu muzeja.

Muzej u cijeloj svojoj povijesti često mijenjala svoj položaj. A od 1946., a do danas je u Osijeku Citadel - bivši Gradsko vijeće.

Tijekom rata, Muzej je teško oštećena, ali na sreću, cijela kolekcija je ostala gotovo netaknuta. Najgore je šteta uzrokovana prikupljanja kiše i nepravilnog skladištenja. Stalni postav je odveden na sigurno mjesto. No, tijekom konstantnog granatiranja, rad muzeja je obustavljen. Godine 1994. muzej je dobio status nacionalne institucije.