Zoološki vrt i muzej prirode u Splitu donirano u grad zbog početka XX stoljeća, nekoliko vrijednih prirodnih zbirki. Profesor Umberto Dzhirometta 1923. postavio pitanje stvaranja prirodoslovnog muzeja. Gradsko vijeće Splita je stvar na pregled i 1924. osnovao je prvi muzej i Dzhirometta postao njezin vođa sve do svoje smrti 1939. godine.

U prvim godinama svog postojanja, Muzej je smješten u jednom od općinskih zgrada u središtu grada. Uskoro prostor nije bio dovoljan, a muzej je premješten na jednu od zgrada u parku Marjan. Uz muzej otvorio mali zoološki vrt, koji predstavljaju neke vrste domaćih i egzotičnih životinja. Za prvi u bivšoj Jugoslaviji Akvarij uz zgradu muzeja sagrađena dodatni prostor. Nekoliko godina kasnije, Oceanarium je zatvorena i pretvorena u mali kavez. Danas u zoološkom vrtu u Splitu ima više od 300 vrsta životinja.

Zgrada u parku Marjan na neprijateljstava u 1991. bio je zatvoren iz sigurnosnih razloga. Zatim, muzej preselio u tvrđavi Gripe, a nakon 1997. godine vratio u Marian. Nakon 2000. godine, na zahtjev zaposlenika na potrebe Muzeja dodijeljen novi prostor, ukupne površine oko 1156 četvornih metara, u kojoj je muzej počeo raditi u siječnju 2002. godine.

Prije otvaranja novog ravnatelja muzeja je reorganiziran muzejskih zbirki i ispričao nekoliko novih izloženosti (npr zbirka prepariranih životinja i ptica, Odjel geologije i paleontologije, entomologije, Odjel kralješnjaka i beskralješnjaka, itd). Također su provedena rad na obradi i sistematizaciju izložaka, na terenu je u središnjem dijelu Dalmacije, brojne izložbe u muzeju i izvan njega. Osim toga, muzej osoblje uključeni u brojnim znanstvenim skupovima.

U prizemlju muzeja ugošćuje razne izložbe, a na ostalim katovima kuće stalnog postava. Svatko može kupiti muzej dodatne materijale o povijesti muzeja i lokalne prirodne povijesti.