Obilazak parka Ueno nužno dovesti goste u japanskom glavnom gradu u Nacionalni muzej prirode i znanosti, koji se nalazi u sjeveroistočnom dijelu parka. Izložba obuhvaća više od 14 tisuća izložaka i govori o podrijetlu svijeta u cjelini, a posebno u japanskom arhipelagu, kao o promjenama koje su se dogodile u njihovoj povijesti od početka do danas.

Muzej je otvoren 1871. godine i od tada je promijenio nekoliko imena - bilo je Ministarstvo prosvjete i muzej i Tokyo Muzej, dok je u 2007. godini nije stekao svoj sadašnji naziv. U kasnom dvadesetom stoljeću i početkom ovog stoljeća, muzej je prošla modernizaciju. Njegova glavna zgrada je proglašen kulturno nasljeđe nacije, sada je japanska galerija, tu je i 3D-kino "Kazalište 360". Nova zgrada muzeja je otvorena globalna galerija. Prije ulaska u muzej instalirali lik plavog kita u punoj veličini.

Šest katova Globalne Galeriji govoriti o evoluciji života na Zemlji, zakonima prirode, podrijetlu dinosaura i raznolikosti vrsta. Odvojeni dijelovi su posvećeni razvoju znanosti i tehnologije, te predstavnici životinjskog svijeta. Vrt se nalazi na krovu galerije, diže oko 160 vrsta ljekovitog i aromatičnog bilja, a tu su suncobrani, koji su objavljeni u pristupu čovjeka na njih. U galeriji, posjetitelji mogu slobodno držati ili dobiti fizičko iskustvo u interaktivnom drvo.

Japanski Galerija se nalazi u bivšoj glavnoj zgradi, izgrađena 1930. godine. Evo što je Japansko otočje tijekom ledenog doba, možete vidjeti zbirku minerala, meteorita, fosila, naučiti o životinjama koje nastanjuju otoke arhipelaga, kako bi saznali što su poljoprivredna oprema s. Poseban dio posvećen ulozi riže u životu Japana.

3D kino "Kazalište 360", koji se nalazi u istoj zgradi, predan muzeja nakon završetka međunarodne izložbe "Expo 2005.", u kojoj je prvi put predstavljen posjetiteljima paviljonu Japana. Ovo kuglasti bešavne zaslon s promjerom od 12, 8 metara. Ova veličina je izabran: lik - oko jedan milijunti dio promjera našeg planeta. Broj 360 u nazivu filma je kut gledanja. Publika u kinu u središtu kugle, a njegovi kupola filmove projicira o podrijetlu svemira, dinosaura i kontinenata. Četiri od njih su stvorili muzejskog osoblja.