Pomorski muzej je smješten u Minato Mirai, a posvećena je pomorskoj povijesti Japana. Otvoren je 1993. godine. Glavni izložak muzeja - pomorska trening jedrilice Nippon Maru, koji je pokrenut 1930. godine i sada se nalazi u podnožju tornja Landmark Tower.

Muzej posjeduje najveću transportno poduzeće NYK Line, čija povijest seže do 1870. Njegova trenutna flota obuhvaća 776 plovila s uredima otvorena u 27 zemalja širom svijeta, uključujući u Rusiji. Tvrtka je dio Mitsubishi.

Muzej govori povijest Yokohama kao jedan od lukama Japana, koji je u XIX stoljeću bile otvorene za međunarodnu trgovinu. Smatra se da je otvaranje Japana prema ostatku svijeta je u velikoj mjeri zbog zapovjednik Matej Perry, politika i službenik pomorske snage SAD-a. U 1852-1854 godina je uspješno održana dva diplomatske misije, što je rezultiralo u SAD-u i Japanu potpisala Konvenciju o Kanagawa olabavljujući samoizolacije izlazećeg sunca. Ekspedicije Perry bili su četvrti i peti SAD pokušava uspostaviti trgovinu i diplomatske odnose. Perry je naređeno da koriste silu, ako Japan odbija pregovarati. Njegovi brodovi ispalili u zrak i ispusti crni dim, pa je japanski eskadrile nadimak "crni".

Muzej govori o tome kako je razvijeni svijet i japanska brodogradnja od sredine XIX stoljeća, modernih tehnologija u industriji i važnosti luke Yokohama. Ovdje su velika zbirka modela modernog i vintage brodova, skup knjiga brodograđevne.

Jedrilica Nippon Maru - četverojarbolni brod od 300 stopa. Tijekom godina prošlo je, prema procjenama, 1, 8 milijuna kuna. Kilometra i kao trening posude za pomorsku službu pripremila oko 11, 5 tisuća ljudi. To je bio pokrenut u siječnju 1930. Nakon Drugog svjetskog rata to je bio korišten za repatrijaciju ljudi iz bivših kolonija Japana. Godine 1984. Nippon Maru završio servis i bio je usidren u podnožju tornja biljeg.