Sveučilište u Zagrebu najstarije je ne samo u Hrvatskoj, nego iu Jugoistočnoj Europi. Datum službenog osnutka smatra 23. rujna 1669, kada je rimski car i ugarsko-hrvatski kralj Leopold I. izdao zakon priznaje privilegije i status sveučilišnih obrazovnih institucija bivše isusovačke akademije, koja je djelovala na području slobodnog kraljevskog grada Zagreba, bivši glavni grad Kraljevine Hrvatske i Slavonije. Ovaj datum je početak povijesti na Sveučilištu u Zagrebu u borbi za provedbu prava dobila i da se dostojno mjesto među autoritativan i predstavnika sveučilišta i akademija u Srednjoj Europi.

Povijest Sveučilišta u Zagrebu u svom suvremenom obliku počinje s inicijativom dzhyakovskogo biskupa i zaštitnika istaknutog hrvatskog Josipa Jurja Strossmayera, kada je 1861. godine predložio da se organizira sveučilište četiri fakulteta: medicinski, teološke, filozofske i pravne. Prijedlog se smatra za nekoliko godina, a 1874. godine Hrvatski sabor usvojio inicijativu i izdao dekret "Na sveučilištu." U istoj godini sveučilišta promijenio ime i postao poznat kao modernog sveučilišta u Zagrebu.

Od 1990. Sveučilište je dobila veću autonomiju, au isto vrijeme počeli pristupanju Bolonjskom procesu.