Arheološki muzej Agios Nikolaos se nalazi u sjevernom dijelu jezera Voulismeni ulica Paleologos, 74, nekoliko minuta hoda od centra grada. Muzej je osnovan 1970. godine i ima bogatu zbirku arheoloških nalaza prefekture Lasithi.

Muzej Izložba je postavljena u osam izložbenih dvorana i pokriva ogroman razdoblje povijesti od neolitika do rimskog doba. Muzejska zbirka uključuje keramika, kamene skulpture, statue, kućanski pribor, razne nadgrobnim artefakata, zlatni nakit, broncu i slonovače artefakata od rijetke dječje ukopa i više.

Najimpresivniji izložak muzeja je lubanja mladića, pronađena u rimskom groblju Potamos blizini grada. Lubanja datira iz 1. stoljeća a okrunjena zlatnom vijenac u obliku maslinovog lišća. U ustima lubanje bio je srebrni novčić iz Polirinia (West Kreta), od kojih je oslobađanje je datirana u vrijeme vladavine rimskog cara Tiberija. Novac je, prema drevnoj tradiciji, prijevoznik morao platiti Charon duše u podzemni svijet Had preko rijeke Stiks.

Od posebnog interesa su predmeti otkriveni tijekom iskapanja minojske groblju Aghia Fotia. Ovo je prapovijesna groblje, koja je pronađena 260 minojske grobove, mjesto je od najvećih arheoloških nalazišta na Kreti. Osnovan ovdje u 1600 raznih posuda izrađenih bez uporabe lončarskom kolu i njegov stil je sličan Cycladic umjetnosti.

Predstavljen u muzeju i artefakata iz naselja minojske od Myrtos, među kojima je najvažniji se smatra "božica Myrtos" - plovila u obliku ženskog lika. Muzej također pokazuje artefakata iz minojske palače Malia, uključujući i veličanstvene umivaonika kamena posuda u obliku Tritona.

Arheološki muzej Agios Nikolaos je jedan od najznačajnijih muzeja u Kreti.