U japanskoj povijesti je vrijeme kada su vladari pogoduje širenju kršćanstva i razdoblja kada je donio iz inozemstva nauka dokazala u nemilost, i njegovi sljedbenici bili proganjani. U XV i XVI stoljeću, kršćanstvo se brzo proširila na otocima arhipelaga, ali na kraju XVI stoljeća bio zabranjen, a narod Japana se prakticira u tajnosti. Stanovnici Nagasakija bili prisiljeni svake godine dokazati da oni nisu kršćani. Da biste to nudili ismijavati slike Isusa Krista i Majke Božje, a ovaj ritual učiniti, morali su proći do sredine XIX stoljeća. Općenito, kršćanstvo je zabranjen u Japanu koliko dva i pol stoljeća, za to vrijeme su se pogubili, mučeni ili deportirani tisuće ljudi ispovijedaju vjeru.

5 veljača 1597 u Nagasakiju javno pogubljeni za misionarski rad od 26 ljudi, među kojima 20 su japanski, četiri Španjolce, kao i meksički i indijski. Po nalogu tadašnjeg vladajućeg Shoguna Toyotomi Hideyoshi uhićen kršćani bili mučeni, a zatim staviti u Nagasakiju i bio razapet na križ podignut na brdu Nisidzaka. Nakon što je izvršenje od žrtava postali mučenici kao sveci čitati i prepoznati ih različite zabave. Stotinu godina nakon kanonizacije 1962. na brdu otvorio spomenik i muzej. 6. veljače Katolička crkva u Japanu slavi svoju memoriju.

Muzej sadrži važne povijesne dokumente donijeli iz Europe i sastoji se u Japanu, umjetnička djela razdoblja ranog kršćanstva u Japanu. Izložba kronološki upoznati posjetitelje s razdoblja ranog kršćanstva, ponekad progona kršćana i životu tajnih katolika u razdoblju od samoizolacije države.

Trenutačno, kršćanstvo je treći od glavnih religija u Japanu nakon budizma i Shinto. Na početku XXI stoljeća, bilo je oko 2, 5 milijuna kršćana, uglavnom katolici.