Prvo sveučilište u Pečuhu nastao 1367. kao jedan od najstarijih u srednjoj Europi kralja Ludovika Velikog, otišla pod za vrijeme turske okupacije. U 1921. bivši Sveučilišta Ugarske u Bratislavi (to Bratislava, Mađarske. Pozsony) preselio u Pečuhu, Janus Pannonius je rezultatom1982 Sveučilište (Janus Pannonius Tudományegyetem, JPTE).

  Prvo sveučilište osnovano je u Pečuhu Louis I. Mađarskoj u 1367. Nakon što je postojalo kao jedinstvenog obrazovnog centra za nekoliko desetljeća, u sredini 15. stoljeća to je bio podijeljen u dvije škole - zakon i teologiju. Tijekom turske okupacije sveučilišta bila zatvorena i otvorena samo u 1785, kada je Josip II preselila Kraljevsku akademiju Gyor, Pečuhu. U 1802., Kraljevska akademija je došao u Gyor po nalogu Franje I. i institucija visokog obrazovanja u Peći nije bilo sve do 1833., kada je biskup Pečuhu pod pokroviteljstvom Gradskog senata osnovana Peći akademije s pravnim fakultetima i filozofije.

  Moderna Sveučilište u Pečuhu je osnovan 1912. godine, a izvorno se nalazi u Pozsony (danas Bratislava). Nakon Drugog svjetskog rata Pozsony je aneksirovan iz Mađarske, a 1921. godine se preselio na Sveučilištu u Pečuhu, gdje ostaje do danas. Godine 1951., Medicinski fakultet Sveučilišta je odvojena, a do 2000. godine bio je zasebna institucija. Godine 1982., Sveučilište je dobilo ime po Janus Pannonius. Ovaj Sveučilište u Pečuhu je osnovana 1. siječnja 2000. spajanjem Janus Pannonius University, University of Medicine i nastavnika College.