Crkva Marije Magdalene nalazi se u okrugu Södermalm. Povijest crkve seže u 1350-toj godini, kada je kralj Magnus Eriksson uz odobrenje pape Klementa VI izgradili kapelicu i posvećen Mariji Magdaleni. Vanjski izgled zgrade tih godina loše dokumentirana i jedino postojeće bakrene graviranje prikazuje kapelicu kao mala zgrada sa velikim tornjem, prelivene šiljatim tornjem.

Na početku 1520s oslobodio Gustav Vasa u Stockholmu, a njegovi vojnici predvođeni Peder Fredagom utaborili se u kapeli, ali su pretrpjeli teške gubitke kada ih Danski vojska kršćanske II napadnuti od grada. Ovaj događaj je možda bio jedan od glavnih razloga zašto Gustav Vasa uništiti sve crkve, samostane i kapele koje okružuju grad, nakon uvođenja protestantizma u 1527., uključujući i kapelu Marije Magdalene. Međutim, njegov sin, kralj Ivan III, započeo gradnju nove crkve na mjestu kapele u 1588. Međutim, njegova smrt 1592. godine prekinuo tijeku građevinskih radova, a crkva je ostala nedovršena do 1634.

Arhitekti Nikodem Tessin Stariji i Tessin Jr. preuzeo nastavak gradnje i izgrađena barokna crkva. Toranj, koji se smatra najljepšim u Stockholmu, uništena tijekom požara u 1759. koji je uništio 300 drugih građevina u prostoru. Carl Johan Cronstedt poručio je obnoviti crkvu, a njegov projekt je dovršen u 1763. On je zadržao mnogo od izvornog dizajna. Obnova unutrašnjosti crkve Marije Magdalene održana 1927. godine, a iste godine došlo je osnovan prvi tijelu, drugi je dodan u 1986.