Drevna legenda govori da je u 1364. Litvanski plemić po imenu Goshtautas pozvao 14 franjevaca i dao ih kući kako bi mogli podmiriti u zemlji. Kad Goshtautasa napustio, svi monasi su ubijeni. Nakon nekog vremena, plemić Pozovi franjevci. Novi redovnici smjestio na drugom mjestu, a mjesto ubijenih fratara, on je sagradio crkvu, nazvan u čast Svetog Križa.

U 1524. crkva izgorjela. U 1635. na ovom mjestu smjestio svećenike Bonifratrzy. Počeli su svoj rad s, izgradili novu crkvu Svetog Križa, osnovan u blizini samostana istog imena i otvorio u samostanskoj bolnici. Kasnije, u bolnici pretvorio u sklonište za psihički bolesne. Goshtautasa Katolička crkva je dodijeljen od strane samostanskih prostorija. Psihijatrijskoj bolnici operiran ovdje do 1903. godine, kada je preselio u novu zgradu izgrađena posebno za psihijatrijsku bolnicu.

U 1737 crkva je ponovno spalio. U 1748. crkva je obnovljena, unutrašnjost je potpuno popravljen, šest oltara su izgrađene i instalirati Kost'ol'na Odjel je izgrađena u baroknom stilu. Samo uređena barokno pročelje i izgradnju samostana. Iako je nakon obnove eksterijera zgrade i tamo su elementi rokokoa. Unutar hram stoji veličanstveno nad prostranim sobama kamene križnih svodova. Zanimljiva kombinacija arhitektonskih elemenata baroka, rokokoa i neo-rokokoa.

U hramu se nalazi izvor, koji se smatra čudesan. Legende kažu da je izvor iznenada pojavio u blizini kipa Bezgrešnog začeća. Ovo je mjesto gdje redovnici su mučeni ubili franjevce. Oni kažu da je posebno korisno voda ovog izvora na pacijente koji pate od bolesti oka.

U crkvi se nalazi i čudesna križ, koji je montiran iznad glavnog oltara. Ispod križa je slika Blažene Djevice Marije s djetetom. Vjerojatno, slika naslikao u 17. stoljeću, ali sigurno podrijetlo slike nepoznat. Također je rangiran među čudesnim tvorevinama. Kopija Čudesna slika Blažene Djevice Marije s djetetom, u obliku freske može vidjeti na glavnom pročelju crkve. To je pod lučnim zabat, izgrađen u 1737 između dvije bočne kule crkve.

Između 1914. i 1924. godine u crkvi održao posebnu uslugu za studente litvanskih škola. U vrijeme kada Vilnius su okupirali Poljsku, nisu provedena u službi hrama u Litvanski yazyke.V Bonifratr 1843 Red je ukinut, a na mjestu samostana ostao je samo njihova zastupljenost. Godine 1909. crkva je ponovno popraviti. Na kraju Prvog svjetskog rata, 1924. godine, biskup Jurgis Matulaitis Bonifratr pozvani da se vrate u samostan Svetog Križa. Povratak redovnika u samostanu bio je vrlo pravovremeno. Oni popraviti crkvu, podizanje šest oltara postoji. Također su organizirali u samostanu sklonište za starije i pučkoj kuhinji za potrebite "Caritasa".

Na početku Drugog svjetskog rata, braća iz Vilna povučeno Bonifratrzy nalog. Godine 1947., samostan zaklonjena sestre zajednice "Bezgrešnog Začeća Blažene Djevice Marije." Međutim, oni dominiraju kratkog vijeka. Sovjetske vlasti su zatvorile 1949. i samostana i crkve. Zgrade samostana su se nalazile stambene apartmana.

Godine 1976., hram je obnovljen i uređen u njoj Koncertnoj dvorani Vilnius filharmonija, takozvani "maloj dvorani baroka." Bilo koncerti orguljaške glazbe.

Vilnius nadbiskupija vratio svojim kućama tek nakon promjene režima 1990. godine. Hram i samostanske zgrade su obnovljena i prebačen u novo posvećenih redovnice Družbe sestara "Bezgrješnog Začeća Blažene Djevice Marije."