Heraklion je izgrađen od strane Arapa u IX stoljeću. Zatim je nazvao Handakas. U srednjem vijeku Mlečani bio okružen gradskim zidinama u dužini od 5 km. Na malom trgu u središtu je lijepa mramorna fontana, nazvana mletačkog generala Morosini. Također je preživio nekoliko venecijanskim kućama.

Ponos grada je bogata Arheološki muzej. Ovdje su svi najvažniji artefakti iz minojske kulture: keramika, kamen rezbarenje, uklesan tisak, skulptura, zlatni nakit, metalni proizvodi, prekrasne freske iz palača bogate i jedinstvene kameni sarkofag Agia trijade.

Povijesni muzej grada predstavlja izložaka bizantskih, mletačkih i turskih razdoblja i povijesnih dokumenata moderne povijesti Krete. Tu su i lokalne narodne nošnje, tkani proizvodi, drvorezbara, vez i ostali predmeti od dekorativne umjetnosti.